se tomcat adesso ti parte non devi far altro che creare una webapp:
sotto la cartella webapps devi creare una cartella che sarà la root della tua applicazione, qui dentro metterai tutte le tue jsp e una cartella con nome "Web-inf" dove metterai il file web.xml che serve per mappare e dicharare le servlet; dentro la cartella web-inf creerai uina cartella "classes" dove metterai tutti i file.class (comprese le servlet se ci sono).

ciao Umbe