Vediamo se ho capito bene:
La prima form è la principale; alla chiusura di tale form ti si chiudono anche tutte le altre. Hai due modi per risolvere il problema:

Il primo consiste nel dichiarare che lo StartUp object è una procedura e non una form (ad esempio ti crei un modulo in cui dichiari una Sub Main e la dichiari come startUp Object). Tale dichiarazione la puoi effettuare dal menu Project-Project Properties... Poi in questa procedura richiami tutti i form che risulteranno quindi dipendenti dalla chiusura della Sub e non del form principale.

Il secondo consiste nel nascondere (anziché chiudere) il form principale chiamando il metodo Form1.Hide. Fai attenzione che devi disabilitare il pulsante X per la chiusura, altrimenti non puoi.


Spero di essere stato abbastanza chiaro, fammi sapere...
Ciao!!

PS: Il primo metodo è sicuramente migliore.