int i = 1;
while(rs.next()){

%>
<tr>
<td>
<input TYPE=checkbox name="check<%=i%>" VALUE="<%=i%>">
<input type=hidden name="id<%=i++%>" value="<%=rs.getString(1)%>">
</td>
<td>
<%
}
%>

prova così che ho anche alleggerito qualche variabile