Le Stored Procedures non sono query memorizzate nel Database (in senso molto lato le query memorizzate sul db sono le Viste).
Le Stored Procedures sono delle vere e proprie procedure che partono direttamente dal DB.
Sono molto più veloci di procedure che partono in "remoto", specie se effettuano l'accesso al DB.
Se è buona norma usarle o meno, beh, questo dipende da cosa devi fare.