In che senso "sono in conflitto"? Che viene applicato il primo filtro anche quando è attivato il secondo? Ricordati che nell'evento puoi scrivere tutto il codice che vuoi, purchè non esegua operazioni eccessivamente pensanti poichè tale metodo viene richiamato per ogni record della tabella (è per quello che spesso non vengono utilizzati i filtri, ma bensì dei componenti per query).
Nel tuo caso, puoi utilizzare tutti i costrutti if...then che ritieni necessari, implementando logiche un po' più complesse.
Ad esempio
codice:
  se FILTRO 1 ABILITATO allora
    se CAMPO 1 vale X
    se CAMPO 2 vale Y
    ...
      ACCETTARE
  se FILTRO 2 ABILITATO allora
    se CAMPO 1 vale X
    se CAMPO 2 vale Y
      *NON* ACCETTARE
  se FILTRO 3 ABILITATO allora
    ...
    se CAMPO 5 vale X
    se CAMPO 6 vale Y
      ACCETTARE
Non è codice Delphi, ma serve solo per spiegarti che puoi distinguere inizialmente il filtro selezionato; successivamente, in base al filtro, controlli il contenuto dei campi e imposti il parametro Accept a True per accettare il record, oppure a False per rifiutarlo.

Ciao!