Non esiste un setup separato per il BDE. In genere, viene installato quando crei un progetto di setup con InstallShield Express Limited Edition, la versione di InstallShield inclusa nel CD di Delphi.
Tu non disponi di un programma di installazione per il tuo applicativo? In ogni caso, sono riuscito a creare uno pseudoprogramma di installazione anche per il BDE (assestante): ho creato un progetto di installazione scegliendo solo i componenti per il BDE, ma senza specificare alcun progetto Delphi.

Ciao!