Non credo che sia sufficiente cambiare l'estensione da BMP a ICO per realizzare un'icona "verace", anche se spesso funziona poichè i due formati sono molto simili tra di loro. Per la trasparenza, devi utilizzare un editor specifico per icone, come quello che ti ha suggerito NetKiLLeR.
Non è possibile realizzare icone ICO animate, ma solo cursori animati. Per visualizzare icone animate, puoi continuare ad utilizzare i file GIF.

Ciao!