la cartella cs1 la crei dove ti pare. L'importante è che il classpath punti alla cartella superiore, altrimenti il package non lo vedi.

Se cs1 un jar, non hai bisogno di creare la cartella con il nome corrispondente (il jar è come uno zip: i file all'interno sono quindi predisposti nel corretto ordine), basta che schiaffi il jar sotto mypackage. Se poi la vuoi mettere sotto jdk1.ecc. nessuno te lo vieta, ma ti consiglio di metterlo da un'altra parte. E comunque il classpath DEVE puntare alla cartella immediatamente superiore a quella di "inizio package".