Utilizzi per caso delle form di tipo MDI (Multiple Document Interface) nel tuo progetto? Si tratta di quelle form che possono contenere al loro interno altre form.
Devi sapere che le form "battezzate" come MDIChild (finestre MDI figlie) si aprono automaticamente all'interno della form MDI principale quando vengono create.

Se non hai fatto uso del tipo di finestre indicato sopra, non dovrebbero essere visualizzate altre form oltre a quella impostata come principale (MainForm) all'interno delle opzioni del progetto.
Prova ad eseguire una ricerca nel codice verificando tutte le chiamate al metodo Show che vengono effettuate...magari ne hai tralasciata una che fa apparire il form incriminato.

In alternativa, esegui il tuo programma passo per passo e individuerai facilmente in cui viene erroneamente visualizzata la form.

Ciao!