Forse il problema si sta allargando un po' troppo. Se la tua classe ClasseBase, che contiene tutti i metodi che avranno in comune i vari eredi, e' applicabile sia al caso di una JFrame che di una JDialog, probabilmente rappresenta un oggetto che e' indipendente dal contesto grafico.

Forse si può implementare come oggetto separato, in modo da avere un codice più pulito. Spiegaci meglio cosa dovrebbe fare questa classe.