Se per trasparenza intendi lo sfondo puoi trovarlo in basso a sinistra nella finestra di anteprima esportazione ovviamente se scegli come formato gif.
Se invece ti riferisci alla possibilità di avere oggetti sovrapposti parzialmente trasparenti devi aprire il pannello livelli e impostare da lì l'opacità

Non devi creare le forme utilizzando lo strumento linea, bensì lo strumento Penna: clicchi nei punti e corrispondono ai vertici della forma e alla fine clicchi sopra al primo punto creato ottenendo in questo modo una forma chiusa che puoi riempire a piacere.