Volendo un po' semplificare, l'antivirus è specifico per i virus comunque ti trova anche i trojan più famosi, ma solo unendolo ad un firewall puoi essere più protetto contro i trojan perché solo così puoi bloccare eventuali programmi "sospetti" che si vogliono connettere ad Internet.
A volte - poi - anche i firewall sono utili contro i virus... ad esempio ZoneAlarm ti blocca nelle e-mail tutti gli attachment con estensioni "sospette"...

Quindi meglio avere sia antivirus che firewall... si completano a vicenda.