non credo che la sintassi sia corretta.
I tag <asp: ...> sono già lato server, e mettere al loro interno i tag <% %>, sempre lato server, possa essere corretto.
In realtà dovresti usare un file di code behind, o uno script lato server direttamente nella pagina, definirti il gestore dell'evento Page.Load e nella funzione che richiama assegnare un ID alla tua checkbox. Dovresti trovare la tua CB all'interno della Collection Page.Controls o in una sua "sotto-collection"