In effetti non ho capito bene quello che intendi, comunque ci provo:
- tu hai un package principale costituito da una cartella di nome "principale" con all'interno le classi relative. Il tutto è compresso in un file di nome principale.jar
- poi hai un package secondario che, similarmente, è costituito da una cartella di nome "secondario" con le sue classi.

Metti principale.jar nel classpath e poi in una delle classi di secondario scrivi all'inizio "import principale.*;"

Ho risposto?