io ti dico come si usa con tomcat 3.3
nella directory conf di tomcat inserisci un file chiamato apps-purejsp.xml (cioè lo stesso nome della cartella che hai creato)
all'interno di questo xml ci scrivi:
[SUPERSAIBAL]
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<webapps>
<!-- Setting special properties for /examples
( as an example of overriding the defaults )
-->

<Context path="/purejsp"
docBase="percorso alla cartella purejsp"
debug="0"
reloadable="true" >
</Context>
</webapps>[/SUPERSAIBAL]

nella cartella che ti sei creato, crei la cartella jsp in cui ci metti le jsp
poi la cartella WEB-INF e dentro questa le cartelle classes (in cui metti appunto le classi) e lib (in cui metti i jar da utilizzare)