La più corretta la prima strada...
Comunque dipende molto dal tipo di prodotti che ogni negozio offere.
Se sono molto diversi tra loro ed anno quindi dei campi non in comune allora forsa è meglio la seconda, ma in caso contrario userei la prima.
Se devi cancellare un intero negozio infondo ti bastano un paio di query, ma se devi fare delle modifiche al db (aggiunti o eliminazione di campi) allora la devi ripetere per ogni db...