premetto che non uso ne conosco Freehand, ma immagino che, come tutti gli applicativi vettoriali (da Draw ad Illustrator ecc.), si possa impostare la risoluzione di output nelle proprietà del documento... ci siano varie opzioni di importazione/collegamento agli oggetti esterni... dovrebbe essere questo a prima vista... se non soltanto la modalità di visualizzazione... (hai provato a stampare da FreeHand???)...

poi, per andare più a fondo, per una corretta visualizzazione dell'immagine con entrambi gli applicativi, devi impostare i profili colore corretti, a tal proposito ti do questo indirizzo:
"http://www.boscarol.com/index.html"
che hanno postato qualche giorno fa ed è MOOOOOLTO interessantissimo, esaudiente e veramente completo, da studiare, non solo da vedere... (grazie a jamesvalue per l'indirizzo...)

secondo me potrebbero essere le opzioni di importazione e collegamento delle immagini esterne, ovvero se le colleghi o le inserisci nel documento, se collegate come vengono interpretate...

eventualmente posta l'immagine che vediamo più chiaramente di che si tratta...