Prendi in seria considerazione l'idea di rifare il logo da zero, la qualità dopo l'acquisizione risulterà sempre minore che il resto della grafica creata ex novo.
Per la scansione vanno bene 300 dpi e per eliminare il background dal logo i metodi sono svariati a seconda del software che utilizzi, prova a fare una ricerca nel forum
con la chiave trasparente o simile.
Ciao