I namespace sono un modo per raggruppare diverse classi che hanno uno scopo preciso. Questo per evitare la frammentazione della struttura ad oggetti del Net framework.
Il fatto che siano tanti (circa 3000) è dovuto al fatto che sono state previste già all'inizio tutte le possibili applicazioni.
Non credo che nessuno finirà per utilizzarli tutti nel proprio lavoro quotidiano. In genere si usano sempre gli stessi.
Per delle funzionalità particolari il framework ti dice quale classe e quindi quale namespace utilizzare.
Riguardo ai libri.
Per VB Net la guida dell'Hoepli (2a ed.) segue un approccio più teorico, rispetto ad esempio a VB NET Passo X Passo della Mondadori (molto più pratica).
Dipende allora da te e dalle tue esigenze.
Tieni presente che quasi tutti i libri su ASP NET ti riportano un compendio della parte essenziale e necessaria di VB NET per lavorare con ASP.
E spesso questa basta e avanza.