Ciao.

Anche io uso VS.NET. Non ho mai pubblicato su server web ma ho provato su server locali. Ho creato un vero e proprio pacchetto di installazione, il quale deve essere lanciato su server. Per creare questo file di setup ho aggiunto un nuovo progetto di installazione in visual studio:
- Sulla suluzione click destro e scegli aggiungi - nuovo progetto
- selezioni la cartella progetti di installazione e distribuzione (parte sx) e sulla dx selezioni 'Progetto di installazione web'
- assegni percorso e nome al progetto
- Sul tuo nuovo progetto click destro e 'output progetto'
- selezioni insieme 'output primario' e 'file di dati'
Se usi ADO.NET aggiungi:
- tasto dx su progetto setup - aggiungi - modulo unione
- selezioni 'Database_Access.msm' e 'Database_Access_ita.msm' e se utilizzi crystal report 'regwiz.msm'.

Compili il tutto e nel percorso 'progettoSetup\debug' trovi il pacchetto per l'installazione.

Installando l'applicazione sul server ti verrà chiesto il nome dell'applicazione e troverai solo i file .aspx e nella cartella bin una dll (nomeApplicazione.dll).

Spero di esserti stato di aiuto.

CIAO,