Se si tratta di due script della stessa versione, installati sullo stesso server e con le medesime configurazioni, allora non c'è molto spazio per un confronto: è presumibile che il risultato sarà identico.
Al massimo potrai stabilire se i due script sono vulnerabli o meno, cercando exploit per quella versione specifica.

Se invece variano gli elementi oggettivi, il risultato può essere molto diverso. Basta infatti una falla per compromettere tutto il sistema.

Il discorso della diffusione è complesso. Solitamente la diffusione di una piattaforma va di pari passo con la sua qualità: più persone vedono il codice, maggiore è la probabilità che vengano scovati gli errori e le falle. Se è un prodotto a pagamento, probabilmente sarà più curato e più sicuro.
Ma esiste anche l'altra faccia della medaglia: se un hacker trova una falla importante potrebbe decidere di sfruttarla, invece che avvisare gli sviluppatori. In questo caso, avrebbe a disposizione migliaia di sistemi vulnerabili da attaccare.