Dovete usare un sistema di versionamento come Subversion o Git.
Personalmente consiglio Git (anche se all'inizio è un po' ostico). Se vi va bene tenere pubblico il sorgente usate GitHub. Se preferite che il vostro repository sia privato c'è Bitbucket (molto simile a Github ma nell'account gratuito è compreso anche qualche repository privato.)

Tra l'altro questi strumenti gestiscono anche la modifica contemporanea dello stesso file (anche se è una situazione che è meglio evitare perché fonte di possibili pasticci)