Ho ricevuto risposta dall'autore del plugin, mi ha confermato che mentre per i temi l'upgrade comporta la sovrascrittura solo di alcuni file (cioè quelli aggiornati), l'aggiornamento del plugin comporta la totale distruzione della cartella vecchia e creazione della nuova.

Mi è stato suggerito di creare un template custom dentro la cartella del template...vediamo faccio un test ed eventualmente posto la soluzione.

Grazie.