Ma scusa provare a rifarlo identico come quello che funziona è troppo difficile?
exec('C:\Programmi\Foxit_Software\Foxit_Reader\Fox it_Reader.exe C:\\wamp\\www\\confische\\vis_non_proc\\'.$file, $out, $err);
E se non dovesse ancora andare spostere l'eseguibile Foxit_Reader.exe nel system32