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Dici che c'è qualcosa che mi sfugge?
Ehm .. sì.

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Ho provato a riflettere su questa frase

Ma non riesco a cogliere il problema.
Nel tuo sorgente principale, non puoi avere es.:

TipoMappato oggetto = (TipoMappato) unmarshaller.unmarshal( ..... );

Anche se supponiamo che tu sappia a priori il nome della classe (lo potresti dedurre dal xsd e sapendo quali sono le convenzioni di XJC).

Quando compili il tuo programma principale, TipoMappato non esiste ancora poiché viene generato solo in fase di esecuzione del tuo programma.
Qualunque riferimento "statico" a tipi nel codice sorgente deve essere risolto in fase di compilazione.