in php sono un po' arrugginito, ho visto solo ora che fai un ciclo per stampare le righe

Prova a inserire un input type hidden all'interno della td total ad ogni ciclo dandogli un id progressivo (appoggiandoti ad un contatore nel ciclo do while).

Poi nella funzione newSum dopo l'istruzione
codice:

$(thisRow).find(".total").html(sum);
aggiungerei:

codice:

$(thisRow).find(".total input").val(sum);

spero di aver capito meglio sta volta e di non aver sparato una boiata