Normalmente il codice dell'iframe dovresti inserirlo in un articolo o in una pagina se vuoi che compaia in una sola pagina del sito. Altrimenti se vuoi che compaia in più pagine puoi far uso del widget di testo e metterlo in una sidebar.

E' normalmente sconsigliato mettere mano al codice del tema e modificarlo direttamente. Se proprio necessario, crei un tema figlio, ma mi sa che è meglio che ti studi file per file com'è fatto il tema, andando anche a tentativi e stampando qua e là delle cose. Con un po' di tempo e pazienza, capirai anche se e dove è corretto mettere il codice dell'iframe.