Risolto, guardando meglio nella documentazione ufficiale ho trovato cosa serviva per escludere questo problema:
Basta aggiungere la classe external ad <a href.....

Codice Javascript
codice:
    $('#top-nav').onePageNav({
        filter : ':not(.external a)',
        easing: 'swing',
        filter: ':not(.external)',
        scrollOffset: 43,
        scrollThreshold : 0.95
    });
Codice HTML

codice:
<li><a href="http://www.link.it" class="external">Questo è il mio Link</a></li>