Ciao, in pratica la guida dice che puoi usare questo questo framework per far diventare il tuo template in uso responsive o il tema che andrai a creare tu (sempre se l'hai mai fatto o meno).
Solitamente un tema WP comprende alcuni file di base tipo index.php, header.php , page.php, single.php .... altri file più quelli citati function.php che è il file principale dove conviene inserire appunto funzioni/funzionalità utilizzabili poi in tutto il tuo sito.
Non mi pare tu debba modificare header.php, utilizzando wp_register_script() e simili, in questo modo quando header.php richiama wp_head() verranno inclusi anche questi script dichiarati e a quanto pare dalla guida dovrebbe andare già tutto.
Non ho idea di come possa il framework rendere tutto responsive perchè non l'ho mai provato.