No, non è tanto una questione di "impostazione", nel senso che java.io.Console non è usabile se avvii la applicazione da Eclipse per via di un problema (bug) di Eclipse noto (la discussione su stackoverflow indicata da valia lo cita).
Per come la vedo io, hai diverse possibilità:
1) Puoi continuare a usare direttamente Console ma poi devi avviare la applicazione da una "vera" console (basta che tieni aperto un prompt dei comandi nella directory più appropriata es. la "home" del progetto e poi avvii con un comando che puoi ripetere facilmente).
Se vuoi debuggare in Eclipse lanciando dalla console, puoi usare il "remote debugging" (la discussione citata su stackoverflow descrive i passi per farlo).
2) Creare un piccolo strato software che "nasconde" il fatto di usare Console o altro (es. Scanner). Si può fare in diversi modi e con design differenti. Devi valutare tu se vale la pena o no, dipende da quanto input/output devi fare su console e se vuoi che questo "strato" sia facilmente riutilizzabile in altri tuoi progetti.
3) Non usi java.io.Console ma qualcos'altro es. Scanner.
4) Usi una libreria esterna (se esiste) che fa più o meno quanto detto al punto 2).