Quelle due voci evitano l'indicizzazione di link strutturati tipo ...page?id=100 che identifica un articolo nel momento in cui si sceglie la via del permalink.
I tuoi link non più raggiungibili sono frutto proprio di questa svista.
Ti consiglio di leggere questa guida per chiarire altri eventuali dubbi sulla funzione di robots che se configurato male può creare seri problemi all'indicizzazione