Da quel che dice la guida basta che copi le funzioni così come le vedi nel tuo function.php e tutto viene già inlcuso nell'header (se avrai messo i file nelle apposite cartelle).
Devi solo aggiungere un file.js con quello che vedi alla pagina 2 della guida e volendo lo puoi semplificare così ma con la sequenza indicata
codice:
(function($) {
 document.write('<script src=' + foundation_dir.template_dir + '/js/vendor/' + ('__proto__' in {} ? 'zepto' : 'jquery') + '.js><\/script>');


    $(document).foundation();
}) (jQuery);
Dalla pagina 3 mostrano alcuni temi che supportano il framwork, oppure puoi usare il tuo.
Non ti so dire come si comporta il framework col tema perchè non l'ho mai provato.