Non c'è nessun problema particolare a creare un array di grandi dimensioni (a patto che la memoria sia sufficiente), ma ovviamente un DB relazionale non va bene per memorizzare una struttura del genere. Considera l'idea di serializzare il tuo array-mappa in una maniera differente (.NET di suo offre diversi metodi di serializzazione, nel tuo caso probabilmente ti conviene scegliere la serializzazione binaria).