Prova a mettere un ritardo, nel caso "l' andata e ritorno" del submit sia abbastanza veloce da trovare la pop-up non ancora del tutto esistente nei meandri del browser:
codice:
function Button1_onclick()
{
    var v = window.open("../attendere.htm", "xyz", "left=700,top=25,height=500,width=527,resizable=yes,scrollbars=yes,menubar=yes,status=no,directories=no,location=no,toolbar=yes");
    setTimeout('document.getElementById("form1").submit();', 3000);
}