La domanda è: perchè vuoi levare la index?
Ad ogni modo, visto che il 99,9% dei webserver è configurato per cercare una "index" (solitamente index.php, index.htm, index.html, index.asp ecc ecc) e visto che non vuoi agire sul .htaccess, hai solo una possibilità: avere un TUO server e configurare il webserver in modo che cerchi il TUO file particolare, chessò "pippo.php" o come lo vuoi chiamare

Sempre il 99,9% dei provider che ti danno spazio web ti danno anche la possibilità di modificare il .htaccess e la ricerca del .htaccess è sempre ricorsiva (se stai richiamando un file nella cartella /application/controllers, il .htaccess verrà cercato sia in /application/controllers che in /application che in / e viene applicato il primo trovato)
http://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/htaccess.html