No. Non ci capiamo.
Il file deve contenere le istruzioni php. Se vuoi fare un semplice file.sql da eseguire allora usa la shell di mysql
mysql> mysql <- file.sql
oppure la shell_exec() come suggerito da santino ma eseguirebbe un solo comando per volta.
ma nel tuo caso avresti comunque un errore di sintassi perche' non chiudi i comandi
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