Puoi partire da qui:
MySQL :: MySQL 5.1 Reference Manual :: 2.3.3.2 Automating MySQL Installation on Microsoft Windows Using the MSI Package
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...msi-quiet.html
poi in quella pagina ci sono i link per approfondire con la configurazione di una istanza da line di comando.
Poi puoi fare una ricerca più approfondita su Google con:
how to silent install mysql

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