Ciao

Crea le 2 immagini su sfondo trasparente e salvale in formato .gif o .png
Importale nella libreria in Flash e crea un MovieClip inserendo le immagini nei fotogrammi quindi sposta il MC sullo stage e salva il filmato .swf.
In pratica se utilizzi Flash non hai bisogno di altri programmi per fare animazioni.
Ovviamente avrai lo sfondo del filmato .swf e se a te serve che sia il filmato Flash stesso ad avere sfondo trasparente devi impostare la trasparenza nei parametri dell'oggetto Flash sulla pagina .html:

<param name="wmode" value="transparent" />


ciao