Pagina web: interfaccia lato client
file.php riceve i comandi ed eventualmente li inoltra (interfaccia) al S.O. del server

La comunicazione fra l'interfaccia client e server la puoi gestire con Ajax o direttamente con i form ed il normale processo di invio

Il tutto per dire che il javascript non puo' interfacciarsi direttamente con il S.O. del server