E' un problema strutturale. Devi fidarti del software. E' inutile chiedere una cosa al db e poi controllare se quello che rende e' == a quello che hai chiesto.

Perche' fai due query? dalla comparazione che fai si direbbe che anche la tabella utenti_abil abbia un riferimento tramite l'id con la tabella assegn. E allora aggiungila alla JOIN. Anche se per abilitare o meno un utente basterebbe una flag 0/1 senza scomodare una terza tabella.

Diciamo che il problema e' di gestione del database che viene fatto tramite il php. E qui l'eterno dilemma: si tratta di php o di mysql?
La domanda e' sempre la stessa. Siccome non hai errori dal parser diciamo che il problema e nella gestione del database.

In ogni caso per spostare la discussione non devi aprire un thread altrove ma chiedere ad un mod di spostarti.