quel codice prende e dice alla query che userà quel valore checked di escludere dal check gli items con id in ( elenco degli id già avvisati )... poi come continua sto codice? o meglio, vedi dove viene usato quel valore $checked e toglilo, oppure prova a mettere dopo quell'if/ele $checked = null... anzi meglio, commenta tutto questo pezzo che hai postato e scrivi dopo la parte commentata $checked = null e vedi un pò che succede...