Si` le tabelle sono dell'intero sito: e` un uso sbagliato di una tecnologia fatta per altre cose. Tra l'altro con la formattazione a tabella i browser non visuali interpretano in modo assurdo.
E io sono convinto che sia proprio la formattazione tabellare a non lasciare spazio al tuo blocco, che quindi risulta tagliato.

Altre volte effetti come quello sono dati dal posizionamento assoluto.

Visti i problemi che vedi e anche quelli che non vedi dovresti considerare di rifare il sito usando i tag corretti.

PS: non so cosa sia il file che forma la barra