La regola SEO, quando si cambia l'URL di una risorsa, è di fare un redirect 301 dal vecchio al nuovo URL. Questo vale per tutte le pagine del sito: il redirect deve in questo caso essere fatto pagina per pagina.

Nel caso che prendi ad esempio, quello della home, non ha molto senso parlare di cambio url dato che il server sarà presumibilmente impostato per far visualizzare il contenuto del file index.php senza doverlo esplicitamente indicare. Quindi è opportuno che tu "canonizzi" l'url della home, ovvero indicando sempre l'indirizzo senza index.php.