alla domanda "cos'ha di molto meglio php 5.4" ti rimando al changelog: sorvolando su una serie di bugfixes ed improvements fatti, ci sono nuove cose, soprattutto "costrutti sintattici" mooolto comodi soprattutto quando stai in OO. Cmq non mi pare che fosse traumatico passare da 5.3 a 5.4 (io personalmente ora ho 5.5) quindi fallo e aggiornati se non hai problemi di migrazione (leggiti i changelog prima!!!!!!!!!)

remi è serio? Boh, non faccio il sistemista di base. Io personalmente sono 5 anni che lo uso e non ho mai avuto problemi... con centos 5.9, verso la fine della vita della distro, ad un certo punto mi è andato in contrasto con un altro repository (ma uno minore inaffidabile) su un pacchetto...però è stato un caso isolato. Per il resto l'ho sempre usato senza problemi.

Ovviamente installando versioni di pacchetti piu recenti rispetto a quelli della base, attento a quello che fai esempio stupido: se passi a PHP 5.5 perchè usi remi, controlla che quello che hai ora in funzione supporti PHP 5.5 così con tutto quello che aggiorni