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- La parte difficile è la codifica dato->audio (sull'applicazione java) e la decodifica audio->dato (e questo deve farlo l'app).

A me pare fattibile... voi che ne pensate?
Certo, tecnicamente è sicuramente fattibile. Concettualmente sarebbe un po' come se fosse un "modem" udibile in modo più ampio e "pubblico" ....

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o anche basarsi su frequenze che il nostro udito non può cogliere
Se ti riferisci ad esempio agli "ultrasuoni" .... beh, sappi che altoparlanti/microfoni nei PC/smartphone sono fatti e adatti per l'uomo ... ovvero per trattare suoni udibili dall'uomo. Anche se certe casse acustiche molto buone con dei validi tweeter possono anche "sforare" oltre i 20 KHz.

Ma a parte tutto questo arriva la domandona più importante: quanto sai di matematica, teoria dei segnali, digital signal processing e altro correlato?? Perché è questo che serve.
Per quanto mi riguarda il mio livello di conoscenza di queste cose è molto vicino allo zero ..... non so tu ....