Quindi anche durante l'utilizzo del sito ogni azienda dovrebbe vedere il proprio indirizzo e non uno uguale per tutte? Oppure vale solo per il login?

Nel primo caso non so se si possa fare, ti converrebbe chiedere nella sezione server.

Nel secondo invece, basta che il sito con l'indirizzo proprio dell'azienda sia in realtà solo una pagina, quella del login e che poi questa porti al sito comune a tutti.
Una volta sul sito comune il collegamento al db lo fai a seconda di chi è collegato.