Ok per i puntini quando menu.php viene richiamato da una pagina dentro la directory common, ma menu.php viene anche caricato da pagine esterne alla directory common.

Questa è la struttura:

index.php
menu.php
archivio.php
---common
|_profilo.php
|_arearis.php
|_altro.php

tutte queste pagine caricano (include (menu.php)) la pagina menu.php
Se utilizzo il path href="../index.php" va bene per le pagine contenute in common ma non per le pagine della cartella superiore.