Ciao, per il punto due dovrebba bastare questo
RewriteRule ^applicazione/ - [L]
messo prima di
RewriteRule ^index\.php$ - [L]

Quindi nella root avrai la cartella applicazione e quel che serve(ovviamente senza le funzionalità di Wp a meno che non includerai wp-load.php o quel che ti serve)

Per il punto uno non ho ben capito.. il sito è online e lo vedi dall'esterno.
Per mappare intendi le sostituzioni a db dei vari dati/url?
I PC in LAN non è che hanno mappato il dominio con l'ip interno?