Cioè? Hai "cablato" le configurazioni in un sorgente?
Un server non si riavvia per intero solo perché hai aggiornato dei file tramite FTP. Tomcat è abbastanza intelligente da monitorare ad esempio le pagine JSP, se ne aggiorni una lui poi la ritrasforma in servlet.
Se invece vuoi aggiornare classi java o librerie, generalmente è meglio stoppare Tomcat, aggiornare e riavviarlo (io perlomeno faccio così).
Se intendi una cartella che non sia sotto la context-root della applicazione ... beh, sì, in generale è meglio.