Due librerie apposta per lua:
http://www.tecgraf.puc-rio.br/iup/
http://tekui.neoscientists.org/

Di cui la prima che utilizza i widget nativi della piattaforma, la seconda minimale che si autodisegna.
Oltre a queste esistono ovviamente i bindings per le varie librerie.
Dai un occhio agli esempi di codice sviluppati con IUP: è una libreria molto ben organizzata.

Lua è un linguaggio fantastico, per me si potrebbe usare ovunque
E' uno dei linguaggi meglio progettati che ci siano in giro a mio parere!